虽然纳卡冲突已经停战多日，阿塞拜疆和亚美尼亚也基本落实了交割领土的事宜，但是这并不意味着纳卡从此就迎来和平。据亚美尼亚媒体报道，阿塞拜疆军队在占领纳卡之后开始大规模清算，对当地的亚美尼亚平民以及涉嫌“通敌”的阿塞拜疆人展开报复，甚至出现了屠杀平民的暴行，亚美尼亚方面认为，这是非常严重的战争罪行，呼吁国际社会派出调查团就此事进行调查，但是截至目前国际社会对此尚未给出明确回应。

根据阿军士兵发布到网上的最新视频，显示一名亚美尼亚老人被一群阿军士兵抓住，然后被按在地上割喉斩首，期间这名老人对阿塞拜疆士兵哭喊救命，但是却换来了现场阿军的一通嘲笑，最终还是未逃脱被残杀的命运，俄罗斯媒体认为，上述对亚美尼亚平民的暴行简直是灭绝人性，呼吁阿塞拜疆方面给予调查，并确保今后不再出现类似的事件，但是阿塞拜疆军方则认为，这并非该国士兵所为，是亚美尼亚方面的“舆论战”，据悉这也是阿军方的固定说法，之前在面对类似指控时，阿军均以此为口径回应。

据报道，虽然阿军方多次严令禁止将战场照片和视频外传，并坚称将保护纳卡地区的亚美尼亚平民，但是从纳卡冲突爆发至今，还是有大量的战争暴行视频被阿军士兵流出，外界认为，阿塞拜疆军队的战争犯罪目前曝光的很可能只不过是“冰山一角”，但是作为胜利的一方，阿军的犯罪行为也无法被追究责任，无论是美国还是俄罗斯都对此睁一只眼闭一只眼，而处于受害者一方的亚美尼亚更是忙于内斗无暇他顾，这使得很多犯下罪行的阿军士兵逍遥法外。

亚美尼亚方面表示，阿塞拜疆军队正在有组织地对纳卡地区实施种族清洗行动，大量针对亚美尼亚人的酷刑和非人待遇都证明了这一论断，阿塞拜疆打算对纳卡的当地平民实施种族灭绝政策，犯下罪行的阿军士兵非但不会遭到追责，反而会得到阿塞拜疆方面的赞扬和鼓励。据报道，在战争结束后，阿塞拜疆也开始论功行赏，将大量亚美尼亚平民撤离之后留下的房屋分配给参战的阿军士兵，或是在30年前从纳卡逃离的难民，这也进一步加剧了亚美尼亚和阿塞拜疆之间的仇恨。